rails 3ではbundle installコマンドを使う事で、そのプロジェクトに依存したモジュールがインストールされますが、これを使うと普通に使っていたシステムのgemが置き換わってしまうのでよくありません。そこで次のコマンドを使う事で、プロジェクト以下にインストールする事が出来ます。
bundle install path/to/directory
一回インストールすると次からはそこが使われるようになるので、その後はbundle installだけで大丈夫になります。
また元に戻してシステムのほうのgemを使いたい場合はインストールしたディレクトリを削除した後
bundle install --system
で行けるようです。
